工厂化生产的硬件是指构成企业工厂化生产运作系统主体框架的物质基础。主要包括配料、搅拌机械设备、装瓶（袋）设备、高效灭菌设备、接种设备、培养栽培环境调控设备、采收包装设备和采后清理设备等。高效、稳定的工厂化生产设备是食用菌工厂化生产正常运作和取得成功的物质关键，食用菌工艺装备的不断更新，是提高生产效益的关键之一。例如装瓶机从4000瓶/小时提高到12000瓶/小时，接种机也从4头接种发展到了16头接种。大大提高了生产效率。金针菇工厂化生产的栽培瓶从850~1000ml、口径58-65mm,发展到1100~1400ml、口径75-82mm,使金针菇单瓶产量从150-170g提高到250-300g，使栽培技术又上了一个台阶。因此，先进实用的工厂化生产设备的不断突破创新和开发应用，是食用菌工厂化生产发展的核心动力。
    工厂化生产的软件是指建立标准化的生产管理体系。分三个层次建立标准化的生产管理体系：
    首先抓产品的标准化。建立产品的企业标准，包括从菌种、原材料一直到产品 包装出厂、运输、上货架的整个生产过程的规范要求。与此同时，还要相应制定保证产品达到标准的三套文件，即生产工艺、操作规程及卫生防疫制度。企业标准要坚持高起点，不仅以国内行业标准为基础，而且尽量与国际先进标准接轨。
    其次抓工作标准化。使标准化生产工艺得到切实执行，用工作标准化来保证产品标准化。重点是抓培训，抓过程，抓反馈，整个生产环节始终处于符合标准要求的稳定可靠状态。
    第三是抓管理标准化。建立ISO9001-2000质量管理体系和HACCP食品安全体系，强调满足顾客的需求，并争取以超越顾客期望作为管理原则，变传统的监督管理模式为自主管理模式，变产品的事后检验为对危害的源头控制。