随着食用菌的消费量的剧烈增长，及我国人工成本的迅速提高，食用菌工厂化生产已经成为必然的趋势。较之传统的自然条件下的栽培，工厂化栽培的诸多优势更加明显。
    1、可组织反季节生产：食用菌工厂化由于采用工业化的生产模式，在环境可控制的设施条件下生产，改变了自然栽培靠天吃饭的状态，在市场相对稀缺的反季节进行生产，可使栽培食用菌的效益有显著的提升
    2、菇房利用率高：食用菌工厂化由于可以人工调节食用菌的生长环境，不受自然气候限制，能达到全年连续生产的目的，可进行周年、规模化生产，有些品种周年生产可达10茬，极大提高了菇房单位面积的利用率。
     3、 单位面积产量高。自然条件下人工栽培双孢蘑菇产量仅10 千克/平方米左右，而工厂化生产的双孢菇产量可达到30千克/平方米以上，尤其是荷兰已经有着相当成熟的双孢菇工厂化生产模式。 
       4、商品整齐度好。食用菌工厂化生产通过自动化设施为食用菌生长创造了非常适宜的人工环境，其质量较自然环境条件下要整齐得多，市场售价也明显高出自然菇。
       5、人工成本低。食用菌工厂化生产由于实行机械化、半机械化的集约化精细化的生产模式，生长环境由控制系统自动调节，相对手工操作要节约大量的劳动力，极大地降低了人工成本。